常見問題解答
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Q:
為什么在CutOne® Buffer中加入HSA？
A:一些酶在反應(yīng)過程中需要HSA的參與，我們在CutOne® Buffer中添加了HSA，避免反應(yīng)中額外添加組分，使得酶切反應(yīng)更加便捷。
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Q:
HSA的添加對于雷霆系列限制性內(nèi)切酶的功能會產(chǎn)生什么樣的影響？
A:在我們的測試中未曾發(fā)現(xiàn)HSA對于雷霆系列限制性內(nèi)切酶的功能有任何影響。在有些情況下，對于部分的酶切反應(yīng)有促進(jìn)作用。
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Q:
為了保證酶量小于體系的1/10多酶切時(shí)往往可加入酶量較少，從而導(dǎo)致酶切不完全，如何解決？
A:說明書中給出的是最佳反應(yīng)體系，可以根據(jù)具體需求進(jìn)行適當(dāng)調(diào)整。
酶切不完全的問題可以從這幾個(gè)方面進(jìn)行解決：降低底物濃度，提高酶量同時(shí)擴(kuò)大反應(yīng)體系，或者適當(dāng)延長反應(yīng)時(shí)間。
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Q:
我需要嚴(yán)格遵守5~15 min的酶切時(shí)間嗎？能夠延長反應(yīng)時(shí)間嗎？
A:雷霆系列限制性內(nèi)切酶經(jīng)過改造可以將酶切時(shí)間縮短至5~15 min。同樣也消除了限制性內(nèi)切酶的星活性（長時(shí)間反應(yīng)造成的非特異性消化），在說明書中告知的星活性出現(xiàn)的時(shí)間范圍內(nèi)可以適當(dāng)延長反應(yīng)時(shí)間。
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Q:
酶切反應(yīng)完成后終止反應(yīng)是不是必要的？我該如何終止我的酶切反應(yīng)
A:限制性內(nèi)切酶對于下游反應(yīng)（連接與轉(zhuǎn)化等）有影響，部分限制性內(nèi)切酶能與雙鏈DNA結(jié)合，對于凝膠電泳會產(chǎn)生影響；而且不失活酶切產(chǎn)物不能保存。故反應(yīng)完成后應(yīng)對其進(jìn)行失活處理。常規(guī)失活方式為高溫?zé)崾Щ睿瑢?yīng)各個(gè)限制性內(nèi)切酶的失活溫度請查閱說明書。另，部分上樣染料中含有SDS可使蛋白變性，苯酚或氯仿的萃取也能使反應(yīng)終止。
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Q:
我什么時(shí)候應(yīng)當(dāng)考慮星活性對于酶切反應(yīng)的影響？
A:如果額外的酶切條帶對于實(shí)驗(yàn)結(jié)果會產(chǎn)生影響時(shí)我們應(yīng)當(dāng)考慮星活性對于酶切反應(yīng)的影響。例如：進(jìn)行基因型、突變型分析或克隆時(shí)我們應(yīng)當(dāng)避免星活性的產(chǎn)生。避免星活性的有效方法：適當(dāng)擴(kuò)大反應(yīng)體積（較小的反應(yīng)體積容易造成甘油體積達(dá)到或超過總反應(yīng)體積的5%）；不進(jìn)行超長時(shí)間孵育（過夜消化極易產(chǎn)生星活性）。
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Q:
酶切反應(yīng)的具體操作流程是怎樣的？
A:大部分的科研工作者通常遵循如下流程：1 U限制性內(nèi)切酶可以完全酶切1μg經(jīng)過純化的DNA，總體積為20 μl于1×CutOneTM Buffer環(huán)境下進(jìn)行反應(yīng)。為防止總酶量超過總體積的10%，在雙酶切時(shí)可以適當(dāng)擴(kuò)大反應(yīng)體系。千萬不要孵育超過星活性出現(xiàn)的時(shí)間（星活性出現(xiàn)時(shí)間請查閱各酶說明書）。另外一個(gè)容易被忽略的問題對于酶切的影響也非常大，在反應(yīng)體系配制完成后完全的混勻才能反應(yīng)完全，推薦用槍頭輕輕吹打3到5次或用手指輕彈管壁，之后用離心機(jī)瞬離即可。不要渦旋反應(yīng)體系，劇烈震蕩對酶的活性有極大的影響。
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Q:
酶切反應(yīng)完成后，沒有看到切割后的跡象，有哪些因素可能對酶切產(chǎn)生抑制作用？
A:作為酶切反應(yīng)底物的DNA應(yīng)該是純凈的沒有污染的，其中例如：苯酚、氯仿、酒精、EDTA、去污劑、過量的鹽都會抑制酶切反應(yīng)。部分酶對于DNA的二級結(jié)構(gòu)較為敏感，DNA的缺刻、超螺旋都會對反應(yīng)產(chǎn)生影響。另外很多限制性內(nèi)切酶對于DNA的甲基化非常敏感，確保DNA的甲基化類型不會阻止限制性內(nèi)切酶的反應(yīng)。如果找不到您的酶切反應(yīng)不能進(jìn)行的原因，我們推薦對照DNA底物（有多個(gè)酶切位點(diǎn)的DNA底物例如lambda DNA），進(jìn)行對比反應(yīng)。如果對照DNA底物能夠被切開而您的底物仍舊不能被切開，將兩種DNA底物進(jìn)行混合，進(jìn)一步確保DNA底物中不存在能夠抑制限制性內(nèi)切酶反應(yīng)的物質(zhì)。
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Q:
超長時(shí)間的孵育（孵育時(shí)間超過1 h）對于酶切是否存在影響？
A:雷霆系列限制性內(nèi)切酶的酶活定義是以15 min反應(yīng)時(shí)間為標(biāo)準(zhǔn)的。增加反應(yīng)時(shí)間應(yīng)該對應(yīng)著減少酶的用量，值得注意的是不同的DNA底物對于酶的需求量是不一樣的。為了使DNA底物反應(yīng)完全同時(shí)避免非特異切割，使用前一定要仔細(xì)查閱酶的反應(yīng)濃度、反應(yīng)溫度、反應(yīng)時(shí)間、星活性出現(xiàn)時(shí)間等。
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Q:
限制性內(nèi)切酶簡并性識別位點(diǎn)一定是回文的嗎？
A:大多數(shù)二型限制性內(nèi)切酶的識別序列是回文的，而且是特定的堿基序列。然而有些限制性內(nèi)切酶具有簡并性識別位點(diǎn)，也就是說識別位點(diǎn)中有一個(gè)或以上的堿基對是非特異的（例如：BsrfI識別5’RCCGGY, R=A/G, Y=C/T）。對于這樣的具有簡并性識別位點(diǎn)的限制性內(nèi)切酶，只要是符合要求的序列皆能被識別并且被正確地切割（例如5’ ACCGGC, 5’ ACCGGT, 5’ GCCGGC, 和5’ GCCGGT，其中兩個(gè)并不是回文的，仍然能被BsrFI識別并且切割）。
