“合成生物學” (Synthetic Biology) 這個詞最早由法國物理化學家Stephane Leduc在其所著的《生命的機理》一書中首次提出，作者試圖利用物理學理論解釋生物起源和進化規律，認為“合成生物學是對（生物體）形狀和結構的合成”。但當時的科學發展水平還不足以解釋生命的本質，因此并未引起重視。

       1953年DNA雙螺旋結構的發現，標志著人類對生命本質的理解進入了更深層次，才有可能對生命體進行改造和設計。因此，我們以此為起點，將合成生物學的發展歷程分為如下4個階段：

1953

發現DNA雙螺旋結構

1957

提出生命遺傳信息傳遞的中心法則：DNA ? RNA → 蛋白質

1960s

• 破譯遺傳密碼子
• 發現首個基因表達操作子模型，證明基因在體內是受到嚴格調控的
• 中國科學家在全球首次人工合成具有生物活性的蛋白質——牛胰島素

1970s

• 發現限制性內切酶，分子克隆技術誕生
• 首次人工合成基因

1980s

 PCR技術誕生，基因工程大發展

1990s

 進入組學時代，大腸桿菌和酵母全基因組測序完成

領域創建與擴張（2000-2007）

       2000年被認為是現代合成生物學元年。這一階段產生了許多現代合成生物學領域奠基性的研究手段和理論，特別是基因線路工程的建立及其在代謝工程中的成功運用，正式確立了現代合成生物學的概念。本階段的創新主要在技術手段上，工程應用進步相對滯后。

這一階段的標志性事件包括：

2000

第一次設計合成了基因網絡開關和基因振蕩網絡

2001

人類全基因組草圖完成

2002

第一個人工合成生命體-脊髓灰質炎病毒

2003

• 發明BioBrick質粒

這是一種標準化、模塊化元件，每個BioBrick元件可以攜帶不同的已知基因，但兩端接頭都是完全標準化的，能用完全相同的方法與其他任意的BioBrick元件組裝起來，實現生物元件的標準化裝配

• 青蒿素前體的生物學合成，開啟人造細胞工程生產天然產物的新時代

2004

• 首次合成生物學國際研討會（SynBio 1.0） 在美國舉行
• 首屆iGEM比賽在MIT舉行，此后發展為國際合成生物學頂尖賽事

2005

• 首個高通量測序技術誕生，改變了組學的研究范式
• 由RNA調控的可編程基因表達
• 合成生物學基本原則確立：標準化，去耦合，模塊化

2006

 利用工程菌侵入癌細胞

快速創新和應用轉化（2008-2013）

這一階段涌現出大量的新技術和工程手段，使合成生物學研究與應用領域大為拓展。

這一階段的標志性事件包括：

2008

• 首次完全人工合成微生物基因組
• 改變大腸桿菌氨基酸代謝生產生物燃料

2009

發明Gibson Assembly DNA組裝技術

這種基因組裝技術擺脫了限制酶酶切位點的限制，組裝后的產物不存在額外的“疤痕”

2010

首次人工合成基因組細胞（支原體）

該細胞的基因組完全由人工合成，并且能夠自我復制

2011

• 首次合成酵母染色體臂
• 建立大腸桿菌的全套布爾邏輯門

2012

• CRISPR/Cas基因編輯技術誕生
• 建立復雜多層基因環路

2013

 利用工程酵母菌株生產青蒿素

發展新階段（2014-今）

       在這一階段，工程化平臺和生物大數據、人工智能相結合，全面推動了合成生物學技術創新及相關應用的商業化，合成生物學開始真正成為“未來產業”。

這一階段的標志性事件包括：

2014

• 人工合成酵母染色體
• 拓展遺傳密碼子。非天然的遺傳密碼子使得未來的生命形式存在無限可能。

2016

• 人工合成最小細胞
• 計算機輔助設計大腸桿菌邏輯門
• 愚公團隊推出首批國產限制性內切酶

2017

• DNA存儲
• 中國科學家參與完成從頭設計合成酵母全部5條染色體

2018

• 邏輯控制CAR-T細胞
• 首次合成單染色體酵母細胞
• 自組織多細胞結構

2019

• 大腸桿菌全基因組合成
• 設計蛋白質參與的基因回路

2021

• AI驅動的蛋白質三級結構預測
• 中國科學家利用二氧化碳人工合成淀粉
• 首個mRNA疫苗產品上市

2022

• 首次實現在復雜生物體的特定組織中對基因活動進行編程和調控
• 人工智能顛覆蛋白質設計
• 通過計算機模擬活細胞生命過程，揭示生命的底層原理

2023

• 首次從頭合成超過1kb的DNA，為基因治療和合成生物學提供了更強大工具
• 創造出不受任何已知病毒感染的生物體
• 獲得完整的端粒到端粒（T2T）人類基因組序列，填補了原有人類基因組中的缺口
• 首個CRISPR基因編輯療法產品上市，用于治療鐮刀型細胞貧血病